Профессор Самойлович Рудольф Лазаревич, геолог, с 1920 г. по 1930 г. и с 1932 г. по 1938 г.
Академик Шмидт Отто Юльевич, математик, географ, с 1930 г. по 1932 г.
Академик Ширшов Петр Петрович, гидробиолог, с 1938 г. по 1939 г.
Академик Федоров Евгений Константинович, геофизик, 1939 г.
Либин Яков Соломонович, океанолог, с 1940 г. по 1941 г.
Балакшин Леонид Леонидович, океанолог, и.о. с 1941 г. по 1942 г.
Славин Семен Венекдиктович, экономист, и.о. 1942 г.
Профессор Буйницкий Виктор Харлампиевич, океанолог, с 1942 г. по 1947 г.
Профессор Антонов Василий Семенович, гидролог, с 1947 г. по 1950 г.
Фролов Вячеслав Васильевич, к.г.н., метеоролог, с 1950 г. по 1960 г.
Академик Трешников Алексей Федорович, океанолог, географ, с 1960 г. по 1981 г.
Крутских Борис Андреевич, д.г.н., океанолог, с 1981 г. по 1992 г.
Чл.-корр. РАН Фролов Иван Евгеньевич, д.г.н, океанолог, с 1992 г. по 2017 г.
Профессор Макаров Александр Сергеевич, д.г.н., географ, с 2017 г. по настоящее время.